La diversité géologique offre, à l'échelle du Massif central, une mosaïque originale de sols et par conséquent, une grande diversité de plantes messicoles. En effet, le socle granitique et les roches métamorphiques, volcaniques ou sédimentaires ont généré des sols très différents, acides ou basiques, pauvres ou riches, où plus d'une centaine d'espèces ont été recensées (sur 10 départements du Massif central) ! Ces espèces contribuent singulièrement à la biodiversité des agrosystèmes : elles participent notamment à la diversification de la faune (pollinisateurs, oiseaux...) qui s'en nourrit.
Dans les champs de Seigle ou de Triticale, sur les sols maigres et acides tels que ceux reposant sur un socle granitique (Limousin, Margeride, Forez, Pilat...), on peut observer la Nielle des blés (Agrostemma githago) et la Légousie miroir-de-Vénus (Legousia speculum-veneris), mais aussi le Galéopsis des moissons (Galeopsis segetum), le Brome faux-seigle (Bromus secalinus), l'Agrostis jouet du vent (Apera spica-venti), la Flouve aristée (Anthoxanthum aristatum) plus discrets...
Mais c'est sur substrat marno-calcaire qu'est observée la plus grande diversité messicole. Cette flore remarquable, en grande majorité d'affinité méditerranéenne, était autrefois bien présente dans les principaux bassins sédimentaires de la région (Limagnes, Lembron, bassins de Maurs, d'Aurillac, du Puy-en-Velay, de Brive-la-Gaillarde, Emblavez, plaine du Forez, Basse-Ardèche...) mais ne s'observe désormais que très ponctuellement. Plusieurs genres ou espèces sont caractéristiques des sols neutres ou basiques de ces bassins, comme les Adonis d'été (Adonis aestivalis), d'automne (A. annua) et flammette (A. flammea), le Peigne de Vénus (Scandix pecten-veneris), le Buplèvre à feuilles rondes (Bupleurum rotundifolium), la Turgénie à larges feuilles (Turgenia latifolia), la Neslie de Thrace (Neslia paniculata subsp. thracica), la Conringie d'Orient (Conringia orientalis), le Gaillet à trois cornes (Galium tricornutum), la Grande androsace (Androsace maxima), ou encore la Dauphinelle royale (Delphinium consolida) et le Bifora rayonnant (Bifora radians).
Les sols volcaniques, issus de roches plus ou moins alcalines, présentent aussi bien des espèces appréciant les sols acides que des espèces habituellement rencontrées dans les champs calcaires : Bleuet des champs (Cyanus segetum), Gesse tubéreuse (Lathyrus tuberosus), Vulpin des champs (Alopecurus myosuroides)...
Si le Massif central, par son relief différencié mais surtout sa diversité géologique, a toujours été une terre de messicoles, les populations des espèces caractéristiques de ce patrimoine végétal ont chuté de façon drastique dans la seconde moitié du XXe siècle, particulièrement dans les secteurs où une agriculture intensive s'est développée (Grande Limagne, vallée du Rhône...) ; de très nombreuses espèces autrefois abondantes sont considérées aujourd'hui en danger critique d'extinction. Une trentaine d'espèces environ n'ont pas été revues dans certaines régions du Massif central.
