Le CBNMC co-anime avec le CBNA le Plan Régional d'Action en faveur des plantes messicoles en Auvergne- Rhône-Alpes (PRA messicoles AuRA). Coconstruit avec les acteurs régionaux, parties prenantes de la thématique messicoles, ce PRA est la déclinaison régionale du PNA messicole et a pour objectif de synthétiser les enjeux et les actions favorables aux messicoles à mettre en œuvre en AuRA. Il a permis d'établir une liste de 89 taxons messicoles visés par les actions du plan ainsi qu'un travail sur les enjeux territoriaux des messicoles (à l'échelle des communes).
Ce PRA constitue un cadre de concertation des acteurs et la coordination d'actions en faveurs des plantes messicoles. Il se compose de 29 actions réparties selon 3 domaines :
Connaissance (8 actions),
Conservation (9 actions),
Sensibilisation (12 actions)