Au regard de leur fort intérêt écologique et des services écosystémiques qu’elles assurent, les communautés végétales à Characées, ainsi que les espèces animales et végétales que ces milieux abritent, sont prises en compte et intégrées dans les politiques menées à l’échelle de la communauté européenne depuis 1992, à travers la Directive Habitats-Faune-Flore 92/43/CEE.
Les herbiers à Characées sont inscrits sur la liste des habitats d’intérêt communautaire sous l’intitulé générique 3140 : « Eaux oligo-mésotrophes calcaires avec végétation benthiques à Chara spp. ». Cette désignation englobe toutes les communautés de Characées qu’elles soient purement composées de charophytes ou associées à des trachéophytes. Les récentes réinterprétations des habitats Natura 2000 (Gaudillat coord. 2023), précisent les conditions d'éligibilité de l'habitat 3140. Il s'agit d'un habitat à logique « biotope » sous condition de présence de ces végétations indicatrices. Dans certains contextes (eaux courantes, prés salés intérieurs), les herbiers à Characées relèvent d'autres habitats d'intérêts communautaires et non du 3140.
Cet habitat représente environ 267 hectares (0.1%) sur l’ensemble des sites Natura 2000 en Auvergne-Rhône-Alpes. Ce chiffre reste à relativiser du fait de la méconnaissance de ces communautés mais aussi de la difficulté à quantifier leur présence lors des cartographies.Il est décliné en deux habitats élémentaires selon des critères liés à la minéralisation des eaux :
Dans le Massif central, l’habitat 3140-2 est majoritaire du fait du caractère acide du socle cristallin, hormis sur quelques secteurs comme le Bas-Vivarais, les vallées du Rhône et de la Saône, etc. où des communautés basiques peuvent se développer.
Devenus rares aujourd’hui, les habitats à Characées ont souffert de la destruction de zones humides au cours du siècle dernier, dont la moitié ont été perdues. Les milieux épargnés et encore favorables aux Characées continuent de régresser sous les effets de l’urbanisation et de l’agriculture intensive. Cette destruction des milieux humides en termes de surface s’accompagne également d’une dégradation qualitative des écosystèmes :
Bien qu’aucune Liste rouge des Characées n’existe encore en France, nos voisins européens comme la Suisse ou l’Allemagne ont déterminé que 45 à 85% des espèces de Characées sont menacées (AUDERSET-JOYE & SCHARZER, 2012 ; HAMANN & GARNIEL, 2002).
Une liste rouge provisoire vient d’être publiée dans « Charophytes of Europe » (Schubert H. et al., 2024) ainsi que dans « Provisional Red List of European Charophytes » (Stewart N. et al. 2024).
En Auvergne-Rhône-Alpes, une pré-liste rouge a été élaboré par le CBN Massif central en 2019 (LABROCHE, 2019).
