Pour répondre aux enjeux locaux de manière plus ciblée, ces grandes trames sont déclinées en sous-trames. Ainsi, par exemple, dans la perspective de lutter contre la dégradation, la disparition et la fragmentation des habitats naturels causées par la lumière artificielle et de préserver et restaurer un réseau écologique propice à la vie nocturne, beaucoup se sont accordés sur la nécessité de développer une trame noire. Cette dernière peut être définie comme un ensemble connecté de réservoirs de biodiversité et de corridors écologiques pour différents milieux (sous-trames), dont l’identification tient compte d’un niveau d’obscurité suffisant pour la biodiversité nocturne...
Moins concerné par celle-ci dans le cadre de ses missions, le Conservatoire botanique national du Massif central travaille à l'identification et la conservation des sous-trames qui composent l'essentiel des végétations du territoire : milieux thermophiles (pelouses...), forêts anciennes ou matures, prairies à fortes biodiversité. Il recherche également des solutions visant à restaurer les végétations herbacées à partir de semis ou de plantations de végétaux d'origine sauvage et locale, par exemple en contexte urbain.
Missionnés dans le cadre de ce travail, les chercheurs d'EVS-ISTHME (Université de Saint-Étienne) et de l'IRSTEA ont décrit et cartographié cette « trame écologique » du Massif central sur un territoire de plus de 100 000 km². Ce travail a ainsi mis en relief les « réservoirs de biodiversité », c’est à dire les espaces où la biodiversité est la plus riche et la mieux représentée, mais aussi où la faune et la flore accomplissent leur cycle de vie ; et les « corridors écologiques », autrement dit les espaces qui assurent le libre déplacement de la faune et de la flore, d'un réservoir de biodiversité à l'autre.
L'étude met ainsi en exergue la trame verte (réservoirs de biodiversité et zones de connectivité potentiels) qui domine une grande partie du Massif central ! Le Massif central possède encore de vastes ensembles non fragmentés composés de milieux naturels ou de milieux agropastoraux : les prairies et cultures (avec prédominance de culture) dans la partie nord du Massif central, les landes et pelouses et les prairies et cultures (à prédominance de prairie) dans les zones de plus hautes altitudes, les milieux cultivés dans les plaines du Languedoc et les zones humides sur le littoral. De grands ensembles forestiers sont présents sur l’ensemble de cette zone d’étude. Ils sont particulièrement nombreux sur les contreforts sud du Massif central (Cévennes), et sur quelques massifs tels le Forez et les Pyrénées. Le Languedoc présente par ailleurs de grands ensembles continus de milieux naturels méditerranéens secs tels que les garrigues.
Mais ce travail pointe également les obstacles aux déplacement de biodiversité : la vallée du Rhône, l’agglomération de Clermont-Ferrand et la plaine de la Limagne, les axes Nîmes-Perpignan, Narbonne-Toulouse, Toulouse-Limoges, et celui lié à la Transeuropéenne contribuent à l’importante fragmentation qui existe entre le massif alpin et le Massif central au niveau de la vallée du Rhône et celle, un peu moins large, qui existe entre le Massif central et les Pyrénées dans le couloir de l’axe Narbonne-Toulouse. Certains secteurs conjuguent à la fois de forts enjeux de biodiversité mais aussi une forte pression humaine. La vallée de l’Allier en est l’illustration la plus flagrante dans sa partie avale, à la fois cœur de nature, axe de circulation (corridor) pour les espèces aquatiques (saumon en particulier) et longée ou traversée (fragmentée potentiellement) par les routes, autoroutes, voies ferrées et agglomérations. Les agglomérations de Saint-Etienne et de Clermont-Ferrand montrent également l’impact de leur étalement respectivement vers le Puy en Velay et Roanne d’une part et vers le sud d’autre part (Issoire, Brioude). Elles augmentent ainsi les zones de conflits potentiels entre les réservoirs de biodiversité contenus dans les Parcs du Pilat et du Livradois-Forez d’une part et entre le Livradois-Forez et les Volcans d’Auvergne d’autre part. L’Autoroute A75 traverse de même de nombreux réservoirs de biodiversité tout au long de son parcours...
