Ainsi, le Schéma régional d'aménagement, de développement durable et d'égalité des territoires (SRADDET) en Auvergne-Rhône-Alpes, ou encore le Schéma Régional de Cohérence Écologique (SRCE) du Limousin en Nouvelle-Aquitaine définissent les objectifs et les moyens à atteindre en matière de préservation et de remise en état des continuités écologiques, notamment en ce qui concerne les politiques d'aménagement (transports ou urbanisme) ou s'agissant de politiques sectorielles (agriculture, sylviculture...).
Aux côtés des Régions, les Départements contribuent à la Trame Verte et Bleue à travers leurs politiques d'acquisition et de gestion d'Espaces naturels sensibles, de gestion des infrastructures routières départementales, du foncier agricole ou de l'eau (à l'échelle des bassins).
Plus localement, pour identifier les continuités écologiques propres à leur territoire, faciliter la mise en œuvre d'actions en faveur de la trame verte et bleue, et répondre aux objectifs du SRADDET ou du SRCE, les collectivités locales (Parcs naturels régionaux, intercommunalités, communes) inscrivent leurs projets dans le cadre de Contrats verts et bleus (CVB) ou des nombreux documents de planification : Plans locaux d'urbanisme (PLU), Schémas de cohérence territoriale (SCOT), Schémas d'aménagement et de gestion de l'eau (SAGE), etc.
Établis en concertation avec tous les acteurs du territoire, les Contrats verts et bleus permettent, grâce au soutien de la Région Auvergne-Rhône-Alpes, de mettre en œuvre d’un programme opérationnel sur 5 ans : pérennisation des espaces à enjeux à travers les documents d’urbanisme, travaux de restauration, de préservation et de valorisation des continuités écologiques, études complémentaires, actions de sensibilisation, de communication et de médiation auprès du public...
Dans ce cadre, le Conservatoire botanique s'est investi aux côtés de laboratoires de recherche spécialisés en écologie du paysage, pour développer des outils d'analyse et de modélisation appliqués aux problématiques de conservation et de gestion de la flore et des végétations.
Évaluer la connectivité de secteurs envisagés pour des actions de restauration, identifier des secteurs clés pour le maintien de la connectivité d'une espèce dans une optique d'acquisition foncière, mesurer l’impact de la disparition d’un patch d’habitat (par exemple suite à un aménagement programmé) sur la connectivité du reste du réseau… sont autant d'exemple d'application des outils ainsi envisagés.
À terme, ces outils permettront d'apporter une aide à la décision et d'alimenter les discussions autour des documents d’aménagement du territoire. Ils contribueront à proposer des actions plus efficaces pour la conservation des espèces, et ainsi à optimiser les sommes souvent importantes investies dans ces actions. Ces travaux contribueront également à mieux connaître les mécanismes de dispersion des espèces dans un contexte de dérèglement climatique.
